福建省防空工作始于抗日战争时期。民国29年（1940），福建省政府在战时临时省会永安县成立防空司令部；民国31年（1942），成立防空建设委员会。中华人民共和国成立后，人民防空实行政府和军事部门双重领导体制。
　　1951年，福建省和福州、厦门、泉州、漳州等市先后成立人民防空委员会（简称人防委），下设防空处（科），为各级人防委的办事机构，负责领导防空业务工作。
　　1954年，根据第一次全国人民防空会议决议，全省各级人防委的办事机构列入当地公安系统建制，对外称人民防空指挥部。“文化大革命”前期，福建省各级人防委及所属办事机构陷于瘫痪，人防战备工作由福建省军区负责。
　　根据中共中央、中央军委的有关指示，从1969年9月起，福建省和各地、市先后成立人民防空领导小组，下设办事机构称人民防空办公室（简称人防办），委托省军区和各地、市军分区、人武部代管。
　　1971年，第二次全国人民防空会议确定福州、厦门、漳州、泉州、三明、南平等市为国家人防重点城市。
　　1975年，福建省将各级人防办事机构列编定位，列入各级革命委员会的一级机构。
　　1982年，根据中发〔1981〕33号文件，全省各级人民防空领导小组重新更名为人民防空委员会。
　　1983年，福建省机构改革，省人防办降为省政府二级机构，归省政府办公厅领导，各地人防办也作了部分调整。
　　1995年，根据中共中央、中央军委的指示和闽委〔1995〕54号文件，福建省政府、福建省军区成立省国防动员委员会（简称国动委），省人防委自行撤销，全省各地按此执行。
　　2000年，国务院、中央军委将福建省9个设区的市全部定为国家人防重点城市，提高了防空类别。同年，在省级党政机构改革中，省人防办被定为省国动委的常设办事机构，同时又是省政府人防工作的主管部门，恢复为正厅级单位。
　　根据闽委发〔2001〕17号文件规定，到2007年，全省市、县、区均设立了人防办，为本级政府一级机构。根据中组部组通字〔2002〕17号和闽委组〔2002〕6号文件，人防部门领导干部实行以当地党委管理为主、同级军事机关和上级人防部门协助管理的制度。
　　根据中共中央办公厅、国务院办公厅《关于印发＜福建省人民政府机构改革方案＞的通知》（厅字〔2009) 23号）和中共福建省委、福建省人民政府《关于福建省人民政府机构改革的实施意见》（闽委〔2009〕27号），设立福建省人民防空办公室（加挂“福建省民防局”牌子），为省人民政府直属机构，正厅级。
　　根据党中央决策部署，2022年12月15日，福建省国防动员办公室正式挂牌成立，为省人民政府直属机构，正厅级。
　　2024年1月，中共福建省委军民融合发展委员会办公室与福建省国防动员办公室合署办公。福建省国防动员办公室为福建省人民政府直属机构，正厅级。